U sklopu Papinskoga hrvatskog zavoda sv. Jeronima smješten je i njegov arhiv koji posjeduje arhivske materijale od 15. stoljeća o povijesti djelovanja hrvatskoga svećenstva i laika u Rimu kao sjedištu Katoličke Crkve. Među svim drugim ostavštinama i drugim arhivskim materijalom Zavoda i drugih njegovih ustanova, biskupa, svećenika i običnih laika, u arhivu se nalazi i ostavština slikara Joze Kljakovića koji je tu boravio kao politički emigrant nakon Drugoga svjetskog rata. Kljaković se u Zavodu, gdje je uostalom imao i svoj atelijer, bavio umjetničkim radom ocrtavajući obnovljene zgrade Zavoda freskama, mozaicima i slikama. Kako su se u Zavodu našli brojni svećenici i laici kao političke izbjeglice, komunističke vlasti su radi toga protestirale pred Svetom Stolicom i tražili njihovo izručenje. Sve do 1960-ih godina komunističke vlasti su zabranjivale dolazak svećenika u ovaj Zavod iz Hrvatske i Bosne i Hercegovine kako bi pohađali studije u Rimu.
Papa Nikola V. je 1453. na zahtjev koji mu je uputio svećenik Jeronim s otoka Pelješca donio apostolsko pismo pod nazivom Piis fidelis votis kojim je predao crkvicu sv. Marine mučenice s lijeve obale Tibera hrvatskim hodočasnicima u Rimu. Oni su time dobili i papinsku dozvolu da mogu u prostoru oko crkve graditi gostinjac i bolnicu za hodočasnike iz hrvatskih krajeva. Uskoro mjesto postaje i utočište brojnih hrvatskih izbjeglica koji bježe pred provalom Turaka u hrvatske zemlje u 15. i 16. st. Nakon uređenja crkvice i pridruženih zgrada došlo je do promjene njezina imena u crkvu sv. Jeronima, crkvenoga učitelja koji je bio podrijetlom iz Dalmacije koju su Hrvati naselili u 7. stoljeću. Papa Siksto V. naredio je na mjestu stare crkvice gradnju nove crkve, današnje crkve sv. Jeronima koja je na kraju dovršena 1589. Isti je papa utemeljio i Ilirski kaptol za svećenike iz hrvatskih krajeva koji su dolazili na studije u Rim. U vremenima nakon završetka Tridentskoga sabora u drugoj polovini 16. stoljeća u Rimu nastaju mnoge nacionalne bogoslovije i sjemeništa, ali inicijativa pape Klementa VIII. iz 1598. da se Ilirski kaptol pretvori u crkveni zavod nije uspjela. Od njegovih početaka u 15. st. u Zavodu sv. Jeronima je djelovala Ilirska bratovština oko koje su se okupljali mnoge poznate ličnosti iz hrvatske prošlosti poput Franje Petrića, Fausta Vrančića, Ruđera Boškovića, Julija Barakovića, Benedikta Stojkovića, Jurja Križanića, Josipa Jurja Strossmayera, Franje Račkoga i mnogih drugih.
Papa Pio VI. je 1790. zasnovao Croaticum kojim je od Ilirskoga kaptola ponovno htio uspostaviti Zavod za odgoj i obrazovanje svećenika iz hrvatskih zemalja, ali su i to presrele negativne okolnosti Napoleonskih ratova tako da je radio samo od 1793. do 1798. Zavod samo nakratko djeluje nekih petnaestak godina za vrijeme pontifikata Pija IX. i Lava XIII. u drugoj polovini 19. st. tako da je u njemu bilo tek 24 pitomca u čitavom tom stoljeću dok gostinjac i bolnica gotovo prestaju djelovati. Do obnove rada Zavoda dolazi 1901. godine kada papa Leon XIII. dokida stare svetojeronimske ustanove i ustanovljuje Svetojeronimski svećenički zavod za hrvatski narod. Takva inicijativa izazvala je protivljenje Crne Gore, Srbije, Austro-Ugarske Monarhije i Rusije tako da Zavod nije proradio u punom kapacitetu sve do 1924. godine.
Međutim, Zavod ponovno postaje predmetom spora, ovoga puta između Kraljevine Italije i nove države Kraljevine Srba, Hrvata i Slovenaca. Kako je Zavod pravno pripadao propaloj Austro-Ugarskoj Monarhiji, Kraljevina Italija je smatrala njegovu imovinu ratnim plijenom. Nakon Rimskoga sporazuma o teritorijalnom razgraničenju dviju državu iz 1924. godine, Kraljevina Italija je imovinu Zavoda predala jugoslavenskim vlastima. Tek 1928. godine Kraljevina SHS predaje Zavod i njegove ustanove na upravljanje Svetoj Stolici uz uvjet da njezini rektori moraju biti hrvatskoga podrijetla. Za vrijeme rektora Đure Kokše, uz pomoć kardinala Franje Šepera i hrvatskoga episkopata, papa Pavao VI. je odlučio ponovno vratiti hrvatsko ime u naslov Zavoda, tako da se od 1971. naziva današnjim imenom, Papinski hrvatski zavod sv. Jeronima.
