Knjigom Tragedija hrvatske historiografije Zvonimir Kulundžić otvorio je jednu od najžešćih polemika u povijesti hrvatske historiografije. U knjizi je kritizirao institucionalnu historiografiju koja je, prema njegovu mišljenju, objavljivala u skladu s napucima vlasti, rekavši da je tragedija hrvatske historiografije u tome što su „njome upravljali oni koji su podanički služili dotadašnjim režimima“, misleći na povjesničare koji su djelovali i objavljivali udžbenike za vrijeme NDH, ali i u vrijeme socijalizma (str. 7). Tvrdio je da su ti intelektualci „iz svojih osjećaja krivice, svoje vlastite grijehe transponirali na čitavu naciju i tako razvili ono što nazivamo osjećajem krivice čitavoga naroda.“ Akademskim povjesničarima najvažnijih institucija (JAZU, Filozofski fakultet Sveučilišta u Zagrebu) zamjerao je strukovnu samodostatnost i inertnost, metodološki konzervativizam, izbjegavanje obrađivanja i svjesno falsificiranje nekih tema iz nacionalne povijesti (poput pitanja prve tiskare na hrvatskom tlu, datuma osnivanja zagrebačkog sveučilišta, hrvatskog identiteta Dubrovnika), nepoštivanje kriterija za napredovanje profesora i znanstvenih djelatnika te neznanstvenost kriterija nagrađivanja povjesničara.

Kao početak ozdravljenja u kulturnom životu, zahtijevao je „uvođenje principa odgovornosti za svačiji javni rad“ i kritiku „falsifikatora nacionalne povijesti“ (str. 385). Na kraju knjige je istaknuo da „naša službena historiografija smatra da joj je dužnost da negira i minorizira sve što smo mi napravili i postigli kroz svoju dugu i krvavu, ali i neobično slavnu i časnu povijest. (...) To je jedan od bitnih aspekata tragedije hrvatske historiografije – o kojem želim pokrenuti diskusiju, i – osobito mlađim – našim historičarima staviti na srce da se nad svim tim duboko zamisle.“ (str. 407).

U obrani digniteta vlastite struke i statusa sveučilišnog profesora, predstavnici akademskih povjesničara nisu isticali kvalitetu vlastitih radova, nego su napadali Kulundžića jer nije diplomirao studij povijesti, te su njegovo pisanje proglasili trivijalnim. Akademski povjesničari su u povijesnoj publicistici vidjeli opasnog konkurenta u borbi za društveno priznanje i afirmaciju, a Kulundžić je tu bio najistaknutiji jer je svojim radovima brzo stjecao široku čitalačku publiku.  Prvo izdanje knjige odmah je rasprodano (u roku od tjedan dana) pa je iste godine objavio i drugo prošireno izdanje. Čitatelje je brzo stjecao i time što je s njima direktno komunicirao – čitatelji su većinom bili sami pretplatnici njegovih vlastitih samizdatih izdanja, a on ih je poticao na komunikaciju pozivajući ih da mu šalju svoje primjedbe, ocjene i sugestije.

Renata Jambrešić Kirin (2003., str. 18) smatra da je Kulundžića karakterizirala ideološka nedosljednost, sklonost skandalu, destruktivno usmjerena društvena kritika i sposobnost provociranja uspavane kulturne i znanstvene javnosti i da je „Kulundžićev javni napad na instituciju akademske povijesti – a sve zbog nepriznavanja njegove hipoteze o Kosinju kao mjestu prve hrvatske tiskare – dijelom pod utjecajem šireg intelektualnog revolta u Hrvatskoj krajem 60-ih i početkom 70-ih koji možemo prepoznati i u pojedinim umjetničkim praksama.“

Iako na destruktivan način, ovom knjigom Kulundžić je prvi otvorio brojne dotadašnje tabu teme, poput pitanja odnosa akademske zajednice i vlasti, a pritom je prvi jasno artikulirao pretpostavku o lojalnosti i konformizmu pripadnika akademske zajednice. Knjiga je jedan od najboljih primjera neslaganja s dominantnim historiografskim praksama.