Institut za filozofiju znanosti i mir Jugoslavenske akademije znanosti i umjetnosti (JAZU) osnovan je na inicijativu Ivana Supeka 1965. godine u Zagrebu. Institut je 1976. preimenovan u Zavod za filozofiju znanosti i mir i pod tim je imenom postojao do 1992. kada postaje Odsjek za filozofiju znanosti Zavoda za povijest i filozofiju znanosti Hrvatske akademije znanosti i umjetnosti (HAZU).
Samo osnivanje toga Instituta izravno je povezano s tzv. Pagvaškim pokretom, odnosno Pagvaškom konferencijom te je riječ „mir“ u nazivu Instituta upućivala upravo na taj mirovni pokret. Zadatci Instituta bili su da „usko surađuje s drugim institutima i naučnim organizacijama na njegovanju onih naučnih područja koja su od posebne važnosti za stvaranje misaone sinteze epohe i cjelovitog pogleda na budućnost čovječanstva; da u okvirima svoje djelatnosti stvarnim zauzimanjem svojih članova daje doprinos rješavanju bitnih problema našeg vremena, a naročito da pridonese svjetskoj suradnji učenjaka i njihovim nastojanjima za potpuno razoružanje i trajan mir u svijetu; da vrši samostalna istraživanja u oblastima u kojima se ostvaruju takvi zadaci, ako se njima specijalno ne bavi nijedna druga naučna organizacija; da osobito vrši samostalna istraživanja spoznajno-teorijskih, metodoloških, antropoloških, etičkih, socioloških i svjetskih političkih aspekata znanosti i umjetnosti.“ (Juras, 1966: 91-92) Prema navedenim zadatcima, jasno je da je misao Instituta bila da postane centar okupljanja Pagvaških grupa u SFRJ.
Prema svjedočenju Bojana Marottija, vodstvo Akademije nije blagonaklono gledalo na taj „mir“ u nazivu institucije jer im nije bilo jasno što taj „mir“ predstavlja. (Intervju s Bojanom Marottijem)
Institutom je rukovodio Stručni savjet u kojem su, uz akademika Ivana Supeka kao predsjednika, izabrani Dušan Kanazir, Mihajlo Marković i Rajko Tomović (Beograd), Milan Osredkar (Ljubljana), Vladimir Bakarić, Ivo Brodarac, Veljko Gortan, Vladimir Knapp, Rikard Lang, Petar Šegedin i Predrag Vranicki (Zagreb). (Juras, 1966: 92) Institut je bio relativno malena institucija koju je činilo od troje do petero ljudi, uglavnom Supekovih asistenata. Supek je inzistirao da u Institutu budu obavezno barem jedan fizičar i jedan biolog, a po mogućnosti i filozof. Do kraja 20. stoljeća je u Institutu/Zavodu bilo zaposleno više uglednih znanstvenika, a među prvim Supekovim suradnicima bili su Jasmina Lelas, Srđan Lelas, Miroslav Radman, Zdravko Radman, Zlatko Klanac, Bojan Marotti, Tihomir Vukelja i drugi. (Intervju s Bojanom Marotijem)
Jedna od glavnih djelatnosti Instituta bilo je izdavanje multidisciplinarnog časopisa Encyclopaedia moderna od 1966. godine čiji je glavni urednik bio Ivan Supek. Institut je bio ključan i za osnivanje Jugoslavenskog pagvaškog društva 1967. godine na čijem je čelu stajao također Ivan Supek sve do 1985. godine. (Knapp, 2013: 86)
Vezanost za Pagvaški pokret izgubila se do početka 1990-ih što je vidljivo i u tome da je iz naziva institucije maknuta riječ „mir“ (Odsjek za filozofiju znanosti). Danas je Odsjek usmjeren na multidisciplinarni pristup u istraživanju znanosti kao opće pojave, a posebno prirodnih i tehničkih znanosti i njihovu odnosu sa širim duhovnim i povijesnim kontekstom. Stoga se Zavod 1992. godine i uklopio u rad novonastalog Zavoda za povijest i filozofiju znanosti kao jedan od njegovih odsjeka. U Odsjeku se danas obavljaju interdisciplinarna istraživanja iz područja fizike, filozofije jezika, etike, a krajnji je cilj pridonijeti zasnivanju jedne nove teorije znanstvene spoznaje.
