Hrvatski znanstvenici dali su važan doprinos radu Pagvaškoga pokreta djelovanjem i raspravama o pagvaškim temama okupljajući se prvenstveno oko Instituta (kasnije Zavoda) za filozofiju znanosti i mir JAZU (HAZU). Skupina hrvatskih intelektualaca iz toga Instituta predvođena Ivanom Supekom godine 1966. pokrenula je časopis Encyclopaedia moderna: časopis za sintezu znanosti, umjetnosti i društvene prakse. Izdavač časopisa bio je navedeni Institut. Časopis je izlazio na svim jugoslavenskim jezicima i varijantama, ali je bilo tekstova i na engleskome jeziku. Pored središnje redakcije u Zagrebu, imao je redakcije i u Beogradu, Ljubljani, Sarajevu, Skoplju i Titogradu. Jugoslavensko izdanje je izlazilo četiri puta godišnje, s time da je povremeno gubio dinamiku izlaženja. Glavni i odgovorni urednik od početka je bio Ivan Supek (iznimno 1975. odgovorni je urednik bio Eugen Pusić). Od sredine 1980-ih Supeku su kao glavnom uredniku pomagali Nikola Zovko kao odgovorni urednik te Bojan Marotti kao tajnik. (Intervju s Bojanom Marottijem)
Kao multidisciplinarni i sintetski časopis promicao je univerzalizam i humanističku orijentaciju znanosti i umjetnosti te potpuno razoružanje i stvaranje svjetskoga mira. Na naslovnici prvoga broja na kojoj je i započela Riječ redakcije stoji: „Da bi se svijet doveo na takvu razinu, s koje bi se u cjelini znanja, umjetnosti i društvene prakse otvorili beskrajni vidici humanog i slobodnog života, neophodna je ljudska akcija, angažman svakog pojedinca. (… ) nalazeći se između vojnih, ekonomskih i ideoloških blokova, a na čistu s time da u eventualnu sukobu (str. 1) ne može biti ničije pobjede, nego samo opća katastrofa, od početka smo svoje pouzdanje položili u imperativ univerzalnosti. Iako je svijet tako kobno razjedinjen, u svakom njegovom kutku tinja mirotvorna, humana i progresivna misao.“ (str. 3)
Ciljevi časopisa bili su gotovo istovjetni ciljevima Pagvaškoga pokreta, a Supek je inzistirao da svaki broj mora imati nešto o Pagvaškom pokretu. Rubrika Pagwash ili Peace studies ili neka sličnoga naziva, objavljivana je gotovo u svakom broju. U njoj bi se obično prenosile informacije, dokumenti, deklaracije, izvještaji s Pagvaških konferencija i drugih sastanaka. Svi prilozi u rubrici su bili na engleskome jeziku, nastojeći da časopis time uđe i u međunarodne znanstvene tokove.
Encyclopaedia moderna šezdesetih je bila vrlo čitana jer su u njoj objavljivali brojni istaknuti intelektualci. U njoj je njegovana akademska sloboda mišljenja i izbora tema kao što je to bilo i u Pagvaškom pokretu. Pored toga, časopis je bio otvoren i za teme na koje komunistička vlast nije gledala blagonaklono, kao što je bio slučaj s religijskim temama. (Kolarić, 1973) Takva intelektualna neovisnost nije odgovarala ideolozima tadašnje komunističke vlasti pa su organizacijama Pagvaškoga pokreta u Jugoslaviji smanjivana financijska sredstva, a 1976. Encyclopaedia moderna je zbog ukidanja financiranja od strane vlasti bila prisiljena na gašenje. (Knapp, 2013: 99) Osamdesetih godina 20. stoljeća i egzistencija samog Pagvaškoga pokreta u Jugoslaviji došla je u pitanje, ponajviše zbog toga što je tada na udaru režima bio Ivan Supek. Ipak, pokret je i to preživio.
Časopis je ponovno pokrenut 1991., s Nikolom Zovkom kao glavnim urednikom, ali se programski orijentirao više prema Srednjoj Europi. Izlazio je do 1998., a Marotti smatra da se časopis tada „prirodno ugasio“ jer teme časopisa više nisu bile tako aktualne kao u vrijeme Hladnoga rata. (Intervju s Bojanom Marottijem)
