Zbog svoje iznimne vrijednosti za nacionalnu povijest, Nadbiskupijski arhiv u Zagrebu organizacijski gledano spada pod odjel Hrvatskoga državnog arhiva u Zagrebu. On je počeo djelovati odmah po nastanku Zagrebačke biskupije od njezina osnutka godine 1094. S obzirom na dataciju, najstariji je arhiv u kontinentalnom dijelu Hrvatske. Naime, Zagrebačka nadbiskupija je 1914. godine sklopila ugovor s Kraljevskom hrvatsko-slavonsko-dalmatinskom Vladom o uvjetima pohrane gradiva Prvostolnoga kaptola u Kraljevski zemaljski arhiv na rok od 50 godina. U istom ugovoru utanačeno je da će i Metropolitanska knjižnica Zagrebačke nadbiskupije biti pohranjena kod tadašnje Kraljevske sveučilišne knjižnice. Tako se danas u sklopu Hrvatskoga državnog arhiva nalazi Odjel Zagrebačke nadbiskupije koji se sastoji od dvaju dijelova: Nadbiskupijskoga arhiva i Metropolitanske knjižnice. Početkom 1980-ih godina došlo je do izmještanja arhivske građe iz ondašnjega Arhiva Hrvatske s adrese Marulićev trg 21 na adrese Kaptol 27 i 31 gdje se danas nalazi gradivo Nadbiskupijskog arhiva, dočim je Metropolitanska knjižnica ostala na istoj adresi. Dio Nadbiskupijskoga arhiva čine i Kaptolski arhiv Zagreba i Kaptolski arhiv Čazme, osim toga, tu su još arhivi Nadbiskupskoga bogoslovnog sjemeništa,  arhivi raznih udruga, dekanata i župa te ostavštine mnogih osoba.

Najstariji dokument je Felicijanova povelja iz 1134. godine. Isto tako, Arhiv pruža obilje građe o odnosima zagrebačke Crkve i univerzalne Crkve, kao i o političkoj, gospodarskoj i kulturnoj ulozi zagrebačke Crkve i njezinih biskupa. Najtemeljitije sređivanje gradiva Arhiva poduzeo je biskup Maksimilijan Vrhovac na prijelazu iz 18. u 19. stoljeće. Naime, onda su povjesničar i arhivist Martin J. Kovačić i njegov sin Josip. N. Kovačić podijelili tadašnji Nadbiskupijski arhiv u 10 tematskih odrednica među kojima su oporuke, povlastice, desetine, gospodarski spisi, sudski spisi, crkveno-politički spisi, dokumenti crkvene uprave, utemeljiteljske isprave i izvlaštenjske isprave. Isto tako, njih su dvojica sredili i korespondenciju zagrebačkih biskupa u razdoblju od 1611. do 1815. godine. Za povijest Zagrebačke (nad)biskupije, ali i sjevernoga dijela Hrvatske, svakako su od iznimnoga značenja kanonske vizitacije zagrebačkih biskupa te spisi zagrebačkih biskupa od 12. stoljeća do 20. stoljeća, kao i arhiđakonski spisi koji govore o političkim, vjerskim, ekonomskim i kulturnim prilikama na području Zagrebačke biskupije od 1615. do najnovijega vremena.